Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- _ -

• _cellFraction : SubcloneSeeker::EventCluster
• _chromIDs : RefGenome
• _chromLengthMap : RefGenome
• _chromNames : RefGenome
• _database : SubcloneSeeker::SubcloneLoadTreeTraverser , SubcloneSeeker::SubcloneSaveTreeTraverser
• _eventClusters : SubcloneSeeker::Subclone
• _fraction : SubcloneSeeker::Subclone
• _isTerminated : SubcloneSeeker::TreeTraverseDelegate
• _members : SubcloneSeeker::EventCluster
• _proot : TreeMergeTraverseSecondary
• _refGenome : RefGenome
• _treeFraction : SubcloneSeeker::Subclone

- a -

• addChild() : SubcloneSeeker::TreeNode
• addEvent() : SubcloneSeeker::EventCluster
• addEventCluster() : SubcloneSeeker::Subclone
• allObjectsOfCluster() : SubcloneSeeker::SomaticEvent
• allObjectsOfSubclone() : SubcloneSeeker::EventCluster
• Archivable() : SubcloneSeeker::Archivable
• archiveObjectToDB() : SubcloneSeeker::Archivable

- b -

• bindObjectToStatement() : SubcloneSeeker::Archivable , SubcloneSeeker::EventCluster , SubcloneSeeker::SegmentalMutation , SubcloneSeeker::SNP , SubcloneSeeker::Subclone

- c -

• cellFraction() : SubcloneSeeker::EventCluster
• children : SubcloneSeeker::TreeNode
• chrom : SubcloneSeeker::GenomicLocation
• clusterID() : SubcloneSeeker::SomaticEvent
• clustering() : SubcloneSeeker::EventCluster
• createObjectStatementStr() : SubcloneSeeker::Archivable , SubcloneSeeker::EventCluster , SubcloneSeeker::SegmentalMutation , SubcloneSeeker::SNP , SubcloneSeeker::Subclone
• createTableInDB() : SubcloneSeeker::Archivable
• createTableStatementStr() : SubcloneSeeker::Archivable , SubcloneSeeker::EventCluster , SubcloneSeeker::SomaticEvent , SubcloneSeeker::Subclone

- e -

• EventCluster() : SubcloneSeeker::EventCluster

- f -

• fraction() : SubcloneSeeker::Subclone
• frequency : SubcloneSeeker::SomaticEvent

- g -

• GenomicLocation() : SubcloneSeeker::GenomicLocation
• GenomicRange() : SubcloneSeeker::GenomicRange
• getId() : SubcloneSeeker::Archivable
• getInstance() : RefGenome
• getParent() : SubcloneSeeker::TreeNode
• getTableName() : SubcloneSeeker::Archivable , SubcloneSeeker::CNV , SubcloneSeeker::EventCluster , SubcloneSeeker::LOH , SubcloneSeeker::SNP , SubcloneSeeker::Subclone
• getVecChildren() : SubcloneSeeker::TreeNode

- i -

• id : SubcloneSeeker::Archivable
• isCompatible : TreeMergeTraverseSecondary
• isEqualTo() : SubcloneSeeker::CNV , SubcloneSeeker::SomaticEvent
• isLeaf() : SubcloneSeeker::TreeNode
• isRoot() : SubcloneSeeker::TreeNode
• isTerminated() : SubcloneSeeker::TreeTraverseDelegate

- l -

• length : SubcloneSeeker::GenomicRange
• location : SubcloneSeeker::SNP

- m -

• members() : SubcloneSeeker::EventCluster

- n -

• nodesOfParentID() : SubcloneSeeker::SubcloneLoadTreeTraverser

- o -

• ofClusterID : SubcloneSeeker::SomaticEvent
• ofSubcloneID : SubcloneSeeker::EventCluster
• operator<() : SubcloneSeeker::EventCluster , SubcloneSeeker::GenomicLocation
• operator==() : SubcloneSeeker::GenomicRange
• operator>() : SubcloneSeeker::EventCluster , SubcloneSeeker::GenomicLocation
• overlaps() : SubcloneSeeker::GenomicRange

- p -

• parent : SubcloneSeeker::TreeNode
• parentId : SubcloneSeeker::Subclone
• position : SubcloneSeeker::GenomicLocation
• PostOrderTraverse() : SubcloneSeeker::TreeNode
• postprocessNode() : CoexistanceTraverseDelegate , SubcloneSeeker::TreeTraverseDelegate , TreePrintTraverser
• PreOrderTraverse() : SubcloneSeeker::TreeNode
• preprocessNode() : CoexistanceTraverseDelegate , SubcloneSeeker::SubcloneSaveTreeTraverser , SubcloneSeeker::TreeTraverseDelegate , TreePrintTraverser
• processNode() : CoexistanceTraverseDelegate , EdgePrintTraverser , NodePrintTraverser , SubcloneSeeker::SubcloneLoadTreeTraverser , SubcloneSeeker::SubcloneSaveTreeTraverser , SubcloneSeeker::TreeTraverseDelegate , TreeMergeTraverseSecondary , TreePrintTraverser

- q -

• queryChromID() : RefGenome
• queryChromLengthWithID() : RefGenome
• queryChromStartBase() : RefGenome
• queryGenomeLength() : RefGenome

- r -

• range : SubcloneSeeker::SegmentalMutation
• removeChild() : SubcloneSeeker::TreeNode
• rootNodes() : SubcloneSeeker::SubcloneLoadTreeTraverser

- s -

• SegmentalMutation() : SubcloneSeeker::SegmentalMutation
• selectObjectColumnListStr() : SubcloneSeeker::Archivable , SubcloneSeeker::EventCluster , SubcloneSeeker::SegmentalMutation , SubcloneSeeker::SNP , SubcloneSeeker::Subclone
• setCellFraction() : SubcloneSeeker::EventCluster
• setClusterID() : SubcloneSeeker::SomaticEvent
• setFraction() : SubcloneSeeker::Subclone
• setId() : SubcloneSeeker::Archivable
• setParentId() : SubcloneSeeker::Subclone
• setSubcloneID() : SubcloneSeeker::EventCluster
• setTreeFraction() : SubcloneSeeker::Subclone
• SomaticEvent() : SubcloneSeeker::SomaticEvent
• Subclone() : SubcloneSeeker::Subclone
• subcloneID() : SubcloneSeeker::EventCluster
• SubcloneLoadTreeTraverser() : SubcloneSeeker::SubcloneLoadTreeTraverser
• SubcloneSaveTreeTraverser() : SubcloneSeeker::SubcloneSaveTreeTraverser

- t -

• terminate() : SubcloneSeeker::TreeTraverseDelegate
• treeFraction() : SubcloneSeeker::Subclone
• TreeMergeTraverseSecondary() : TreeMergeTraverseSecondary
• TreeNode() : SubcloneSeeker::TreeNode
• TreeTraverseDelegate() : SubcloneSeeker::TreeTraverseDelegate

- u -

• unarchiveObjectFromDB() : SubcloneSeeker::Archivable
• updateObjectFromStatement() : SubcloneSeeker::Archivable , SubcloneSeeker::EventCluster , SubcloneSeeker::SegmentalMutation , SubcloneSeeker::SNP , SubcloneSeeker::Subclone
• updateObjectStatementStr() : SubcloneSeeker::Archivable , SubcloneSeeker::EventCluster , SubcloneSeeker::SegmentalMutation , SubcloneSeeker::SNP , SubcloneSeeker::Subclone

- v -

• vec_chromIDs() : RefGenome
• vec_chroms() : RefGenome
• vecAllObjectsID() : SubcloneSeeker::Archivable
• vecEventCluster() : SubcloneSeeker::Subclone

- ~ -

• ~TreeNode() : SubcloneSeeker::TreeNode
• ~TreeTraverseDelegate() : SubcloneSeeker::TreeTraverseDelegate